Prokuratura IPN prowadzi śledztwo w sprawie zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki w ramach dochodzenia o działalności związku zbrojnego w MSW w Warszawie, funkcjonującego w latach 1956-1989. Członkowie ówczesnego MSW - funkcjonariusze SB - mieli być, według założeń IPN, kierowani przez najważniejsze osoby w państwie; na ich zlecenie dokonywali zabójstw działaczy opozycyjnych i duchowych, w tym: kapelana Solidarności warszawskiej, ks. Jerzego Popiełuszki. Wciąż zbierane są dowody w tej sprawie.

Ksiądz Jerzy Popiełuszko został zamordowany przez cztery osoby działające Departamencie IV MSW: kpt. Grzegorz Piotrowski, płk. Adam Pietruszka, por. Leszek Pękala i por. Waldemar Chmielewski. Zadaniem tego departamentu było wówczas działanie przeciwko Kościołowi katolickiemu i zwalczanie jego działalności opozycyjnej.

Zenon Płatek - dyrektor Departamentu IV - mimo głośnego „procesu toruńskiego”, w którym o zabójstwo księdza oskarżani byli wymienieni wyżej funkcjonariusze - uniewinniony został ze wszelkich zarzutów, a fakt ten stał się jednym z dowodów na to, że cały proces był wyreżyserowaną grą polityczną władz PRL. Płatek - według ustaleń historyków - w 1984 r., decyzją gen. Kiszczaka, dowodził grupą śledczą mającą na celu ustalenie okoliczności porwania księdza. 

Instytut Pamięci Narodowej stara się dowieść druzgoczącej, ale znanej powszechnie tezy - której do tej pory oficjalnie prokuratura nie udowodniła - że za zabójstwem ks. Jerzego Popiełuszki stały bezpośrednio najważniejsze osoby w państwie, w tym: gen. Czesław Kiszczak. Przegląd odtajnionych dokumentów trwać będzie do 31 marca 2017 r.