W 1570 roku sprowadzone do Wilna Towarzystwo Jezusowe założyło w mieście szkołę – Kolegium Jezuitów. Dziewięć lat później dzięki staraniom Piotra Skargi i przy wydatnej pomocy finansowej króla Stefana Batorego uczelnię przekształcono w Akademię i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego (łac. Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu). W tym samym roku szkoła uzyskała aprobatę papieża Grzegorza XIII. 

W ten sposób powstała trzecia najstarsza uczelnia wyższa na ziemiach Rzeczypospolitej Obojga Narodów i jedna z najstarszych w Europie Wschodniej. W jej murach przez ponad 350 lat kształcili się i wykładali najwybitniejsi Polacy. Wśród setek wielkich postaci z nią związanych, oprócz wspomnianego Piotra Skargi, byli m.in. Jakub Wujek, Franciszek Bohomolec, Adam Naruszewicz, Marcin Poczobutt-Odlanicki, Jan i Jędrzej Śniadeccy, Joachim Lelewel, a także dwaj nasi najwięksi poeci – Adam Mickiewicz i Juliusz Słowacki.

Budynki uczelni wzniesiono obok kościoła św. Jana, który król Zygmunt August przekazał niegdyś jezuitom. Oficjalnym językiem wykładowym była łacina, a wykładowcami nierzadko wielcy uczeni, pochodzący z różnych części Europy. Funkcjonowały wydziały filozoficzny i teologiczny, później dołączył do nich także prawny. W XVIII w. dzięki polskim jezuitom na uczelni opracowano zasady gramatyki i ortografii języka litewskiego, a także rozpoczęto wydawanie pierwszych książek po litewsku. 

Po stłumieniu powstania listopadowego w 1832 roku car Mikołaj I nakazał całkowitą likwidację Uniwersytetu Wileńskiego, jako karę za udział wielu uczonych i studentów w powstaniu. Większość majątku zlikwidowanej uczelni przeznaczono na uposażenie powołanego w 1834 r. Uniwersytetu Kijowskiego. Identycznie zrobiono z bezcennymi zbiorami biblioteki Liceum Krzemienieckiego, które do dnia dzisiejszego stanowią fundament Ukraińskiej Biblioteki Narodowej.