Olejny cudowny obraz Matki Bożej Płaczącej na płótnie powstał prawdopodobnie na początku XVII w. Jego twórca jest nieznany. Obraz przedstawia Matkę Bożą z dzieciątkiem. Jej postać przypomina Madonny pędzla Rafaela.

XVII-w kronikarz kalwaryjski, którego cytują Bernardyni, opiekunowie sanktuarium, wspominał, że w pobliżu Kalwarii mieszkał w swych dobrach Stanisław Paszkowski.

„Życie w tym domu płynęło wszystkim cicho i godziwie, i nic nie mąciło błogiego spokoju mieszkańców dworu w Kopytówce, gdy w tem jednego z ciepłych dni wiosennych, mianowicie w sam dzień Znalezienia Krzyża Pańskiego, tj. w piątek dnia 3 maja 1641 r. obraz Matki Bożej krwawemi zapłakał łzami”

- pisał kronikarz.

Wezwani do Kopytówki księża z Marcyporęby apelowali do Paszkowskiego, by ofiarował obraz do kościoła, gdyż nie godzi się w domu prywatnym przetrzymywać wizerunku, „w którym Pan Bóg swe dziwne i cudowne znaki okazuje”. Szlachcic, choć była to dla niego trudna decyzja, obiecał przekazać go do kościoła w Marcyporębie.

Wieść o krwawych łzach Madonny rozeszła się wśród okolicznej ludności, zwłaszcza szlachty, którzy już następnego dnia zaczęli przybywać do Kopytówki. 5 maja Paszkowski postanowił przekazać obraz do kościoła w Marcyporębie.

„W drodze jednak (…) stał się z nim dziwny jakiś wypadek. Choć nikogo przy sobie nie widział, czuł jednak dokładnie, jak go ktoś ciągnie za rękę i lasami w zupełnie innym kierunku prowadzi. Po bezdrożach i wśród gęstych zarośli szedł dość długo, powolny kierującej nim sile. Wreszcie minął jakieś góry i doliny, minął strumyki i leśne potoki, wciąż prowadzony silnie za rękę. Już niemal opadał na siłach, gdy las rzednieć począł, wreszcie się skończył, i nagle przed zdumionym okiem Paszkowskiego zajaśniała w całej krasie słynna świątynia kalwaryjska. Teraz dopiero zrozumiał i poznał, że sam Bóg na to miejsce go przyprowadził”

- pisał kronikarz.

Początkowo - zgodnie z wolą biskupa krakowskiego Jakuba Zadzika - obraz trafił do zakrystii. Rosnące zainteresowanie wiernych, którzy obdarzyli obraz czcią, sprawiło jednak, że biskup Tomasz Oborski uznał go za słynący łaskami i zgodził się w 1656 r. na umieszczenie obrazu w kościele głównym pw. Matki Bożej Anielskiej, w ołtarzu świętej Anny.

W 1667 r. obraz trafił do specjalnie w tym celu wybudowanej kaplicy. Jej fundatorem był Michał Zebrzydowski, wnuk Mikołaja, założyciela Kalwarii.

Wraz z ofiarowaniem obrazu rozwinął się w Kalwarii kult maryjny. Odpustami stały się uroczystości maryjne - Narodzenie Matki Bożej (8 września), a zwłaszcza Wniebowzięcie (15 sierpnia).

W 1887 r. biskup krakowski Albin Dunajewski koronował obraz. W uroczystości wzięło udział około 250 tys. wiernych.

Św. Jan Paweł II, podczas pielgrzymki do Kalwarii Zebrzydowskiej 7 czerwca 1979 r., powiedział o obrazie Matki Boskiej Kalwaryjskiej: "Szczególnie ujmująca jest dyskrecja, z jaką Matka Boża mieszka w swoim sanktuarium. Właśnie - że mieszka w takiej bocznej kaplicy."

Sanktuarium pasyjno-maryjne w Kalwarii Zebrzydowskiej powstało na początku XVII w. z inicjatywy Mikołaja Zebrzydowskiego, który przekazał opiekę nad miejscem bernardynom. Klasztor i kościół zostały wzniesione w latach 1604-1609. Wokół świątyni wybudowano Dróżki, które przypominają kompozycją miejsca święte w Jerozolimie.

Sanktuarium jest współcześnie duchową stolicą Małopolski i jednym z największych miejsc kultu Męki Pańskiej oraz Najświętszej Maryi Panny. Do Kalwarii Zebrzydowskiej pielgrzymowali papieże: Jan Paweł II oraz Benedykt XVI.