Bp Krzysztof Wętkowski urodził się 12 sierpnia 1963 r. w Gnieźnie. Po ukończeniu miejscowego II Liceum Ogólnokształcącego rozpoczął studia i formację kapłańską w Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie. Święcenia kapłańskie przyjął 4 czerwca 1988 r. w katedrze gnieźnieńskiej z rąk Prymasa Polski kard. Józefa Glempa. Był wikariuszem w parafii farnej pw. św. Marcina i Mikołaja w Bydgoszczy (obecnie katedra bydgoska). Wypełniał także obowiązki kapelana bp. Jana Nowaka, wówczas biskupa pomocniczego gnieźnieńskiego i wikariusza biskupiego Prymasa Polski dla miasta Bydgoszczy.

W 1989 r. podjął studia specjalistyczne z zakresu prawa kanonicznego na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, uwieńczone tytułem doktora nauk prawnych w zakresie prawa kanonicznego. Po powrocie do Gniezna został mianowany najpierw rzecznikiem prasowym i referentem ds. środków społecznego przekazu, a później kanclerzem Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie, którą to funkcję pełnił nieprzerwanie przez 17 lat. W 2004 roku otrzymał godność kanonika gremialnego Kapituły Prymasowskiej. Gdy przyjmował nominację w gronie tym było ośmiu jego profesorów z czasów seminaryjnych oraz proboszcz rodzinnej parafii. Był również wykładowcą w Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie oraz adiunktem Wydziału Teologicznego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Od października 2012 roku pełni funkcję wikariusza generalnego archidiecezji gnieźnieńskiej.

Sakrę biskupią przyjął 22 grudnia 2012 r. w katedrze gnieźnieńskiej z rąk Prymasa Polski abp. Józefa Kowalczyka. Jest członkiem Rady Prawnej KEP, członek Kościelnej Komisji Konkordatowej i przewodniczącym Zespołu Roboczego ds. Nowelizacji Statutu i Regulaminu KEP.