Jedna z zaangażowanych w badania placówek - Massachusetts General Hospital - w ostatnich czterech dekadach była pionierem w badaniach nad genetycznym pochodzeniem choroby Alzheimera, prowadzonych przez dr Rudolpha Tanzi. Tanzi i jego współpracownicy odkryli np. geny, które powodują wczesną, rodzinnie występującą postać choroby Alzheimera (o początku przed 60. rokiem życia). Chodzi zwłaszcza o białko APP, prekursor białka amyloidu (A4) i geny preseniliny (PSEN1 i PSEN2). Mutacje w tych genach prowadzą do akumulacji blaszek amyloidowych w mózgu, co jest charakterystyczną cechą alzheimera. 

Kolejnych 30 wariantów genów AD, które odkryto, jest głównie związanych z przewlekłym zapaleniem mózgu (lub zapaleniem układu nerwowego), co również zwiększa ryzyko tej choroby. Jednak to utrata synaps jest zmianą neurologiczną najbardziej skorelowaną z ciężkością demencji.

Zawsze było trochę zaskakujące, że badania przesiewowe całego genomu nie zidentyfikowały genów choroby Alzheimera, które są bezpośrednio związane z synapsami i neuroplastycznością.
- mówi dr Tanzi. 

Wcześniej podstawowym narzędziem używanym do identyfikacji genów AD było badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS). W GWAS genomy wielu osób są skanowane w poszukiwaniu wspólnych wariantów genów, które występują częściej u osób z daną chorobą. Jednak standardowy GWAS pomija rzadkie warianty genów (występujące u mniej niż 1 proc. populacji). Natomiast WGS skanuje każdy fragment DNA w genomie.

Ten artykuł prowadzi nas do następnego etapu odkrywania genów chorób, dając nam możliwość przyjrzenia się całej sekwencji ludzkiego genomu i oceny rzadkich wariantów genomowych, czego wcześniej nie mogliśmy zrobić.
- mówi główny autor badania, dr Dmitry Prokopenko z MGH's McCance Center for Brain Health.

Odkryte warianty genów mogą zasugerować nowe cele dla opracowywania leków ukierunkowanych na poprawę neuroplastyczności i stabilności synaps. 

Identyfikacja mniej powszechnych mutacji genów, które zwiększają ryzyko choroby Alzheimera jest ważna, ponieważ mogą zawierać krytyczne informacje o biologii choroby. Rzadkie warianty genów to ciemna materia ludzkiego genomu.
- wyjaśnia dr Tanzi.

Spośród trzech miliardów par nukleotydów, które tworzą pełny zestaw DNA, każda osoba ma od 50 do 60 milionów wariantów genów - z czego 77 proc. jest rzadkich.

Poszukując rzadkich wariantów genów AD, Tanzi, Prokopenko i ich współpracownicy przeprowadzili analizy WGS genów 2247 osób z 605 rodzin obejmujących wielu członków, u których zdiagnozowano AD. Przeanalizowali także zbiory danych WGS dotyczące 1669 niespokrewnionych osób. W badaniu zidentyfikowano 13 wcześniej nieznanych rzadkich wariantów genów związanych z AD. Co ciekawe, te warianty genów były związane z funkcjonowaniem synaps, rozwojem neuronów i neuroplastycznością. 

Uważamy, że dzięki tym badaniom stworzyliśmy nowy szablon umożliwiający wykraczanie poza standardowe GWAS i powiązanie choroby z typowymi wariantami genomu.
- mówi dr Tanzi, który widzi dla swoich metod potencjał do badania genetyki wielu innych schorzeń. 

Ponadto planuje użyć trójwymiarowych modeli hodowli komórek i organoidów mózgu, które on i jego koledzy opracowali w ciągu ostatniej dekady - aby zbadać, co dzieje się, gdy rzadkie mutacje zidentyfikowane w tym artykule są wstawione do neuronów. 

To może pomóc nam w odkrywaniu nowych leków.
- mówi ekspert.