Geograficznie jest częścią Bramy Krakowskiej. Nazwa Skałek Twardowskiego pochodzi od legendy, według której Pan Twardowski w tym miejscu miał prowadzić szkołę magii i czarnoksięstwa. Pewnego dnia jednak laboratorium wybuchło i na jego miejscu powstały skałki.

Obszar znajduje się na wysokości 200–230 m n.p.m. Budują go powstałe w ciepłym morzu późnojurajskie wapienie. W wapieniach miejscami można dostrzec ślady drążenia ich przez jeżowce.
Występują formy krasowe – liczne leje krasowe o głębokości 1-2 m, jaskinie i schroniska. Największa z jaskiń to Jaskinia Twardowskiego. W 2019 roku grotołazi zbadali jej korytarze o łącznej długości 500 m. Pozostałe jaskinie i schroniska to: Jaskinia Jasna, Jaskinia Koguta, Jaskinia Musza, Jaskinia Niska, Jaskinia pod Nyżą, Jaskinia przed Problemówką, Jaskinia Pychowicka, Jaskinia w Anastomozach, Jaskinia z Kulkami, Kawerna Magazyn, Okienko Zbójnickie, Rurka, Schronisko nad Sadystówką, Schronisko obok Anastomozów, Tunel w Pychowicach, Wywiew.

Formami stworzonymi w wyniku działalności ludzkiej na Skałkach Twardowskiego są: nieczynne kamieniołomy: Łom Bergera, Skałki Twardowskiego, Kapelanka i Zakrzówek. Dawniej eksploatowano w nich wapienie dla potrzeb budownictwa, później do budowy dróg i do wapienników, a w końcu dla zakładów produkujących sodę. Zalew Zakrzówek – zalew, który powstał w wyniku wypełnienia wodą Wisły wyrobiska po kamieniołomie Zakrzówek. Ma dużą głębokość i przejrzystą wodę, dzięki czemu doskonale nadaje się do nurkowania, wały przeciwpowodziowe – zostały usypane w XIX wieku, a ciągną się wzdłuż brzegów Wisły, pozostałości wybudowanej przez Austriaków Twierdzy Kraków, m.in. szaniec FS-29, Kawerna Magazyn.

Zachodnią część wzgórza zagospodarowano tworząc jeden z najładniejszych parków w Krakowie. Wykonano asfaltową alejkę, sieć szutrowych ścieżek, nasadzono drzewa, zamontowano wiaty, ławki, kosze na śmieci. Z kilku punktów widokowych na wzgórzu i skałach widoczne jest Stare Miasto Kraków, Pasmo Sowińca z Kopcem Kościuszki i Kopcem Piłsudskiego. Realizowany jest dwuletni plan zagospodarowania Zalewu Zakrzówek w celu udostępnienia go do rekreacji (dotychczas obowiązuje w nim zakaz kąpieli).

Skałki Twardowskiego to obszar malowniczy, w dużym stopniu naturalny i bardzo urozmaicony. Znaczną część powierzchni pokrywają lasy, są wśród nich polanki, skały, zalew o czystej i przeźroczystej wodzie. Występuje tu jeden z najlepiej w Krakowie zachowanych płatów murawy kserotermicznej.

Mimo niewielkiej powierzchni występują zróżnicowane siedliska, co skutkuje występowaniem zróżnicowanych zespołów roślinności. Na wierzchowinie dominuje wprowadzona przez człowieka roślinność parkowa. Występują płaty roślinności ciepłolubnej i półnaturalne łęgi. Duże zróżnicowanie zbiorowisk roślinnych powoduje, że liczny i zróżnicowany jest również skład gatunkowy roślin. Występują rzadkie gatunki roślin, wśród nich są cztery znajdujące się na Czerwonej liście roślin i grzybów Polski: żabieniec lancetowaty, turzyca wczesna, kosaciec syberyjski, sasanka łąkowa. 

W 2011 roku stwierdzono występowanie na terenie zrębu Zakrzówka 579 gatunków roślin naczyniowych, co jest dużą liczbą, jak na tak niewielką powierzchnię. Na wschodniej stronie alei Elvisa Presleya rośnie czeremcha zwyczajna będąca pomnikiem przyrody.

Skałki Twardowskiego to historyczny rejon wspinaczkowy, wspinano się tutaj już ponad 100 lat temu. Wspinała się tutaj m.in. czołówka krakowskich wspinaczy w latach 70. i 80. XX wieku. Nadal rejon Zakrzówka jest najbardziej popularny wśród wspinaczy skalnych w Krakowie. Znajduje się tutaj duża liczba dróg wspinaczkowych wyposażonych w stałą asekurację. Ze względu na popularność tego miejsca i długotrwałą wspinaczkę doszło do specyficznej formy erozji skał – wyślizgania powierzchni skały i chwytów wzdłuż istniejących dróg wspinaczkowych.

Wspinaczka odbywa się na skałach będących pozostałością dawnego kamieniołomu Kapelanka. Są to przeważnie mury skalne o wysokości dochodzącej do 32 m. W kwietniu 2007 r. i później kręcono tu zdjęcia do filmu Deklaracja nieśmiertelności przedstawiającego sylwetkę czołowego wspinacza Piotra Korczaka.

Skałki są jednym z obiektów na Szlaku Lasów Miejskich Krakowa. Jedną z wiodących przez nie uliczek nazwano ulicą Elvisa Presleya i znajduje się przy niej jego pomnik.