Historia manuskrytpu jest równie ciekawa jak życie Michała Wojnicza, który w 1912 roku kupił księgę od Jezuitów we Frascati i od którego imienia ją nazwano. Wojnicz urodził się w Telszach na Litwie, uczył się w Suwałkach, a potem odbył studia farmaceutyczne na Uniwersytecie moskiewskim. Wtedy to wstąpił do Międzynarodowej Socjalno-Rewolucyjnej Partii Proletariat założonej przez Ludwika Waryńskiego i przyjął pseudonim „Wilfryd”. W 1884 roku przyjechał do Warszawy, gdzie ropoczął pracę jako pomocnik farmaceuty, działając jednocześnie w strukturach partii.

Opracował śmiały plan uwolnienia z Cytadeli warszawskiej działaczy proletariatu, jednak operacja została wykryta przez tajnego agenta, który przeniknął do organizacji. Wojnicza aresztowano i osadzono w Cytadeli. Pewnego razu zobaczył przez okno kobietę spacerującą nad Wisłą, była to jego przyszła żona – Ethel Lilian Boole, która jechała wraz ze swym ojcem do Rosji i na kilka dni  zatrzymała się w Warszawie. Tymczasem rewolucjonistę zesłano na Sybir do Tunki, gdzie spotkał i zaprzyjaźnił się z Józefem Piłsudskim, który powierzył mu potem opiekę nad tajnymi aktami PPS. Z Syberii udało się mu uciec i przez Hamburg trafił do Londynu. Zaprowadzony do mieszkania znajomego rewolucjonisty zobaczył w nim kobietę, którą obserwował z Cytadeli. Trzy lata później wzięli ślub. Wraz z Siergiejem Krawczyńskim pseudonim „Stiepniak” rozwijali na Wyspach pracę dla partii, wydawali pisma Marksa i Engelsa oraz rewolucyjne manifesty. Po śmierci Stiepniaka wycofali się z tej działalności i założyli antykwariat. Wojnicz skupował średniowieczne inkunabuły po całej Europie stąd podejrzenia historyków, że w ten sposób prał rewolucyjne pieniądze. W 1912 roku kupił ów tajemniczy manuskrypt, zwany teraz Manuskryptem Wojnicza. Michał Wojnicz zmarł w 1930 roku. Księga znajduje się obecnie w bibliotece Uniwersytetu Yale. Historycy ustali jej wiek na podstawie ilustracji, na których przedstawiono postacie ludzkie, zamki, rośliny. Szacuje się, że powstała między latami 1450-1520. Pierwszym udokumentowanym właścicielem manuskryptu był Georg Baresch, praski alchemik, żyjący na początku XVII wieku. W 1636 roku wysłał on kopie kilku stron do Athanasiusa Kirchera, jezuity, który opublikował słownik języka koptyjskiego z prośbą o rozszyfrowanie tekstu. Z pewnością zakonnik pracował nad tekstem i alfabetem, gdyż po śmierci Barescha starał się o wejście w posiadanie całego manuskryptu, co udało mu się w 1666 roku. Liczne tropy, w sprawie autorstwa tego dzieła prowadzą m.in. do Rogera Bacona, Johna Dee, Elżbiety I, Jacobusa  Sinapiusa – lekarza Rudolfa II, czy wreszcie Antonia Averlino, architekta włoskiego epoki renesansu. Uczeni uważają, że manuskrypt pełnił on rolę kodeksu aptecznego i dotyczy medycyny średniowiecznej. Całość podzielona jest na następujące sekcje-rozdziały:

Zielarska – na każdej stronie znajduje się jedna lub dwie ilustracje rośliny oraz tekst. Jest to typowy format europejskich zielników z tamtego okresu. Większość występujących w nim roślin jest nieznana biologom. Wiele ilustracji łączy korzenie, liście oraz kwiaty, pochodzące z różnych gatunków.

Astronomiczna – sekcja ta zawiera diagramy kołowe, np. niektóre z nich przedstawiają słońca, księżyce lub gwiazdy, będące elementami astronomii i astrologii. Jeden z szeregów dwunastu diagramów przedstawia typowe symbole konstelacji zodiakalnych. Postaci kobiet przedstawione na ilustracjach są przeważnie nagie. Każda z nich trzyma w ręku coś, co przypomina oznaczoną gwiazdę lub łańcuch albo sznur, na końcu którego przymocowana jest gwiazda. Rysunki kołowe z sekcji astronomicznej, przedstawiają obiekty o nieregularnych kształtach z czterema nieregularnymi ramionami, co niektórym przypomina galaktykę, widoczną tylko za pomocą teleskopu. Inne zostały zinterpretowane jako komórki widoczne pod mikroskopem.

Biologiczna – zawiera zwarty, ciągły tekst, przeplatany ilustracjami przedstawiającymi głównie małe, nagie kobiety, kąpiące się w kałużach lub pojemnikach połączonych zawiłą siecią rur w kształcie organów ludzkich. Niektóre kobiety mają na głowach korony.

Kosmologiczna – zawiera diagramy kołowe, które są jednak niewyraźne i niezrozumiałe. W tej sekcji również znajdują się rozkładane kartki. Jedna z nich składa się aż z sześciu stron i zawiera pewnego rodzaju mapy lub diagramy z dziewięcioma „wyspami” połączonymi groblami, zamkami oraz prawdopodobnie wulkanem.

Farmaceutyczna – wiele podpisanych rysunków, przedstawiających oddzielne części roślin (korzenie, liście itp.), przedmioty podobne do słoików aptecznych, narysowane wzdłuż brzegu strony, a także tekst. Namalowano też wiele naczyń oraz rurek, co może być odniesieniem do powiązań alchemicznych, ale nie przypominają niczego co zawierają podręczników do alchemii z tamtych czasów.

Księga zawiera też przypisy – wiele krótkich fragmentów tekstu, oznaczonych kwiatem lub gwiazdą.

Kryptolog dr Marek Grajek, autor książek o Enigmie i polskich kryptologach, powiedział, że żadne z dotychczasowych prób rozszyfrowania manuskryptu nie zakończyły się żadnym znaczącym przełomem.

Wiemy, czym on nie jest, ale nie potrafimy przeniknąć, czym on właściwie jest. Sądzę, że czeka nas jeszcze wiele przygód z tym manuskryptem. (…) Skoro ludzka inteligencja do tej pory nie dała sobie rady, to cała nasza nadzieja w sztucznej inteligencji. To jest bardzo interesujący kierunek działania, ale z drugiej strony, sztuczna inteligencja nie bardzo jest w stanie dostrzec coś, czego nie ogarnęła wcześniej – przynajmniej, co do zasady – nasza normalna inteligencja. Sztuczna inteligencja zwiększa moc umysłu, natomiast nie zwiększa obszarów wiedzy. Jeżeli to zagadnienie, które jest przedmiotem manuskryptu, nie mieści się w zakresie naszej wiedzy, to sztuczna inteligencja nie pomoże.

– podkreślił.

Być może więc Manuskrypt Wojnowicza pozostanie na zawsze tajemnicą i polem dla ludzkiej wyobraźni.