Życie mistyka to życie kochającej duszy w kochającym Bogu. William James, współczesny mistyk i teolog, dodaje, że jest to bliskie i bezpośrednie odczucie Boga, którego podstawą jest modlitwa. Prymas tysiąclecia podczas uroczystości upamiętniającej 400-lecie śmierci Stanisława Kostki (20.08.1967) użył słów z liturgii tego dnia: "[…] Nakarmił go Pan chlebem żywota i rozumienia i napoił go wodą zbawienia". 

W najbliższym otoczeniu nie uważano go za świętego

Stanisław urodził się w Rostkowie w 1550 roku (dzień i miesiąc urodzin są niepewne) w rodzinie o tradycjach rycerskich. Ojciec, Jan Kostka, kasztelan zakroczymski, dbał bardzo o wykształcenie synów. W „Herbarzu polskim” Niesieckiego o matce Stanisława, Małgorzacie z Kryskich herbu Prawdzic, można wyczytać: "pani świątobliwa, w jedzeniu umartwieniem pomiarkowana, stąd co dzień do Przasnysza do kościoła chodziła". Ona niewątpliwie wpłynęła na duchowość Stanisława, lecz starszy syn Paweł - po ojcu - zdecydowanie wolał „rycerskie zabawy”. 

– Z gruntu fałszywe jest mniemanie – pisze biograf ks. Stanisław Bańkowski – że już w Rostkowie nosił w swej religijności cechy świętości i oznaki wyjątkowej pobożności. […] W najbliższym otoczeniu nie uważano go za świętego.

W procesie beatyfikacyjnym w 1603 roku jego pedagog Jan Biliński na pytanie, czy chłopca uważano za świętego, odpowiedział: "Był uważany powszechnie za dobrego chłopca, ale nie za świętego". 

W XVI wieku młodzież szlachecka często kształciła się za granicą. Szczególnie popularna była Austria – kraj nieodległy i rdzennie katolicki. Tam też Jan wysłał swoich synów pod opieką Bilińskiego i umieścił ich w Kolegium Jezuickim. 

Nawiedziła go Maryja z dzieciątkiem

Oprócz kształcenia, pobyt w klasztorze miał pogłębić życie religijne chłopców. Stanisław tę okazję gorliwie wykorzystywał. Lubił milczenie, długie modlitwy, umiarkowanie, posty. Już wówczas usiłował prowadzić zakonny tryb życia, a koledzy przezywali go „jezuitą”. Trudności w nauce nadrabiał pracowitością.

Paweł martwił się o jego zdrowie nadszarpnięte postami i nocnymi czuwaniami. Sam zresztą odznaczał się zupełnie innym temperamentem. Z grupą kolegów chętnie wymykał się z klasztoru, by korzystać z uroków życia. 

Gdy czwartego grudnia czternastolatek czytał żywot św. Barbary, jego uwagę przykuł fragment mówiący, że kto się odda pod opiekę tej świętej, nie umrze bez sakramentów. Poprosił brata, żeby sprowadził księdza z wiatykiem. Paweł stwierdził, że to zbędne. Wówczas Stanisław ujrzał Maryję z Dzieciątkiem, które złożyła na wyciągniętych rękach chłopca. Przyszły święty uczynił wtedy ślub wstąpienia do Towarzystwa Jezusowego. Okazało się to niełatwe.

Ucieczka do Boga

Mistrz nowicjuszy i spowiednik Stanisława, o. Juliusz Fatio, tak oceniał tego kandydata na zakonnika:

"Brak słów na wyrażenie wzniosłości jego cnót i drogocennych przykładów, którymi odznaczał się jego żywot. Był dla wszystkich wzorem i zwierciadłem doskonałości zakonnej. Niezwykle pokorny, pełen wzgardy względem zaszczytów świata i siebie […] skromności przedziwnej, w posłuszeństwie dokładny, bez żadnego sprzeciwu względem rozkazów bez najlżejszego uchybienia względem przepisów, bez oporu i wahania wykonywał zlecenia, jakby wyszły z ust samego Boga".

Mimo tego wiedeński przełożony zakonu odmówił mu przyjęcia bez zezwolenia ojca. Jednak z dwoma innymi braćmi 25 września 1567 roku wysłał go do Rzymu. Szli pieszo przez Brener, Padwę, Bolonię, Florencję i Sienę. Droga zajęła im niecały miesiąc. Na prośbę ojca Paweł ścigał go konno jednak nie przyszło mu do głowy wśród idących gościńcem biedaków. Ojciec wysłał Stanisławowi utrzymany w surowym tonie list. Zarzucił mu, że kompromituje ród, pokazując się publicznie w żebraczym stroju. Jednak pogodził się już z powołaniem syna, który jako siedemnastolatek przyjął suknię duchowną, tonsurę i święcenia mniejsze w Rzymskim Towarzystwie Jezusowym. Z każdym dniem wrastał w nową zakonną rodzinę i przystosowywał się do nowego trybu życia. Ulubionym tematem jego modlitw było rozważanie Męki Pańskiej. W dzień św. Wawrzyńca za specjalnym zezwoleniem przeora biczował się publicznie. Dwa razy dziennie przeprowadzał rachunek sumienia. Koledzy prosili przełożonych, by w czasie modlitwy mogli klęczeć koło Stanisława i iść za jego przykładem.

Bóg powołał go do nieba

Przyszły święty złożył zasadnicze śluby zakonne. W lipcu razem z innymi wysłuchał nauki o niespodziewanej śmierci głoszonej przez prowincjała jezuitów Górnych Niemiec, Piotra Kanizjusza. Idąc z o. Emanuelem Saa do bazyliki Santa Maria Magiore powiedział, że w sierpniu umrze. Starszy zakonnik zlekceważył to. Był przekonany, że to tylko nastawienie chłopca powstałe pod wpływem porywającej homilii ojca Kanizjusza. 

Wieczorem 10 sierpnia 1568 roku młody zakonnik poczuł się bardzo źle. Kładąc się do uszka, uczynił nad nim znak krzyża i powiedział: jeśli spodoba się Bogu, bym z tego łóżka nie wstał, niech się dzieje Jego wola. 14 sierpnia, w przededniu Wniebowzięcia Matki Bożej doznał gwałtownej utraty sił, wysokiej gorączki, zimnych potów i mdłości. Z ust sączyła mu się krew. Prosił, by go położono na podłodze. Obok niego klęczeli oo. J. Fatio i Stanisław Warszawicki. Konający modlił się, trzymając w ręku krucyfiks. Jego głos słabł coraz bardziej, aż umilkł. Chorował tylko pięć dni. Przedtem był pełen sił i życia.

Jego brat Paweł porzucił światowe igraszki. W Przasnyszu wybudował przytułek dla najbiedniejszych – dwa czteroizbowe domki. Razem z matką często modlił się do świętego, choć bulla kanonizacyjna została wydana 200 lat później.