Kościół wyróżnia wyjątkowy autentyzm zarówno architektury, jak i wystroju i wyposażenia wnętrza, a także jedność stylowa i spójność koncepcji artystycznej.
W swojej strukturze budowlanej zawiera jeden z najstarszych zachowanych elementów drewnianej świątyni w konstrukcji zrębowej w Polsce. Jest ponadto jednym ze starszych szkieletowych kościołów protestanckich na terenie kraju.

Zabytek stanowi interesujące połączenie gotyckiego typu drewnianego kościoła wiejskiego charakterystycznego dla architektury późnego średniowiecza oraz wczesnej świątyni protestanckiej z typowymi dla niej rozwiązaniami funkcjonalnymi i programem ideowym. Najcenniejszy elementem kościoła jest bogaty, wielobarwny wystrój malarsko-snycerski oraz wyposażenie wnętrza. W prezbiterium znajduje się gotycki ołtarz z figurą Matki Boskiej z Dzieciątkiem koronowanej przez anioły i otoczonej gronem świętych, uzupełniony o predellę przedstawiająca Ostatnią Wieczerzę oraz grupę Ukrzyżowania w zwieńczeniu. Z okresu przebudowy kościoła pochodzi chrzcielnica dekorowana scenami figuralnym i cytatami z Pisma Świętego. Uzupełnieniem programu teologicznego ołtarza i chrzcielnicy jest bogato dekorowana ambona z rzeźbiarskimi.

Najcenniejszym walorem artystycznym zabytku jest w pełni zachowana dekoracja malarska i snycerska wnętrza, dzięki której świątynię zalicza się do czołowych realizacji luterańskich doby reformacji w Europie Środkowowschodniej. 117 malowideł wkomponowanych w architekturę kościoła oraz opatrzonych 90 inskrypcjami, jest niezwykle cennych nie tylko z punktu widzenia historii sztuki.

Wartościowe pod względem ikonograficznym realizacje, które charakteryzuje bogactwo tematów, motywów oraz wątków narracyjnych, stanowią również kompendium wiedzy na temat luterańskiej myśli religijnej. Świątynia posiada wysokiej klasy elementy wyposażenia wnętrza, m.in.: manierystyczną chrzcielnicę z 1581 r., ambonę z 1614 r. oraz gotycki ołtarz z ok. 1400 r. (rozbudowany w XVII w.). Włączenie w nowożytne wnętrze średniowiecznej nastawy ołtarzowej stanowi niezwykły dokument łączności duchowej i kulturowej dawnej parafii katolickiej i jej protestanckich sukcesorów. 

Wartość zabytku podkreśla fakt, iż w obecnie rzymskokatolickim kościele zachowane i pielęgnowane są wszystkie elementy wyposażenia z okresu kultu luterańskiego. 

W 1537 r. ziemia sulechowska, na terenie której leży Klępsk, weszła w posiadanie Margrabiów Brandenburskich, zaś w 1576 r. świątynię przejęli lokalni ewangelicy. W pierwszym etapie dokonano przebudowy średniowiecznego kościoła zrębowego na szkieletowy z zachowaniem wschodniej ściany prezbiterium. Równolegle z prowadzonymi pracami budowlanymi przystąpiono do wykonania wystroju malarskiego wnętrz i wyposażenia świątyni do potrzeb liturgii protestanckiej. 

Wnętrze kościoła wraz z pełnym wyposażeniem przetrwało w stanie niemal niezmienionym od XVII w. do czasów współczesnych. Po II wojnie światowej kościół w Klępsku został przejęty przez katolików i obecnie stanowi filię katolickiej parafii Łęgowo. 

Kościół w Klępsku położony jest na wzniesieniu, przy drodze z Babimostu do Sulechowa.