Wieczorem 11 lipca, w niedzielę – gdy mieszkańcy albo spali, albo szykowali się do snu – wieś została szczelnie otoczona przez funkcjonariuszy niemieckiej policji i żandarmerii. Okupanci utworzyli dwa pierścienie okrążenia, od strony lasu i pobliskiego wzgórza. 12 lipca o poranku rozpoczął się dramat mieszkańców wsi.

Wielu michniowian już przed godziną szóstą wyszło ze swoich domów i kierowało się do pracy w lesie bądź do przystanku kolejowego w Berezowie, by stamtąd udać się pociągiem do suchedniowskich i skarżyskich fabryk, gdzie byli zatrudnieni. Prawie nikt z nich nie przekroczył jednak wewnętrznej linii posterunków.

– pisze Longin Kaczanowski, autor książki „Zagłada Michniowa”.

Los cywilów był przesądzony – po rewizji stłoczono ich w pobliskim lesie, nieopodal szosy. Wśród zatrzymanych były też kobiety. Podobny los spotkał tych, którzy pozostali w swych gospodarstwach. Niemcy chodzili od domu do domu i siłą wyciągali mieszkańców. Pierwszymi ofiarami śmiertelnymi byli bracia Antoni i Jan Gołębiowscy. Krótko potem okupanci zabili kilkunastu mężczyzn na terenie przylegającym do pobliskiej szkoły. Następnym krokiem były „przesłuchania” aresztowanych. Po sprawdzeniu czy dana osoba figuruje na sporządzonej wcześniej liście, „podejrzanych” wywożono wojskowymi ciężarówkami na miejsce egzekucji, zlokalizowane przy jednej z wiejskich dróg.

Gdy dowieziono ich wszystkich, żandarmi rzucali się na poszczególnych mężczyzn, łapiąc ich za włosy, kopiąc i ciągnąc siła do pobliskiej stodoły Wątrobińskiego. Tam kazali wpędzonej grupie mężczyzn położyć się na klepisku i po ostrzelaniu ich z pistoletów zawarli wrota stodoły. Po chwili podpalona stodoła zamieniła się w gigantyczną żagiew.

– opisuje mord na polskich cywilach Kaczanowski.

Jak dodaje, oprawcy zaadaptowali do swych potrzeb także inne pomieszczenia gospodarcze. Ci, którzy nie zginęli od uderzeń kolbą lub bagnetem, nie zostali zastrzeleni z serii karabinowej, ginęli żywcem w płomieniach. Jeszcze inni byli mordowani w swych zagrodach. W czasie akcji Niemcy rabowali dobytek, palili drewniane domy. Nielicznych miejscowym, których ocalili, wykorzystali do porządkowania miejsca zbrodni i noszenia ciał pomordowanych. Niektórych wywieziono do kieleckiego więzienia; część wysłano później do obozów koncentracyjnych. Kilkanaście kobiet miało niebawem trafić na roboty przymusowe do Rzeszy. Bilans zbrodni z 12 lipca był tragiczny – w kilka godzin Niemcy zabili 103 osoby, w tym 96 mężczyzn, dwie kobiety i pięcioro dzieci. Najmłodsze miało 5 lat.

13 lipca Michniów został ponownie ostrzelany przez niemieckie karabiny. Funkcjonariusze policji okrążyli miejscowość ze wszystkich stron, choć ta – po niedzielnej zbrodni, była już częściowo wyludniona. Większość mężczyzn już nie żyła, ciała w wielu przypadkach ciągle zalegały niepogrzebane na podwórzach gospodarstw. Tym, którzy przeżyli, a nie uciekli (do pobliskich miejscowości: Suchedniowa, Ostojowa, Błota czy Krzyżki), Niemcy zgotowali piekło. Cała wieś płonęła, ze zgliszcz wydobyto jedynie majątek ruchomy oraz żywy inwentarz. Także i tym razem mordowano bez względu na wszystko. Najmłodszą ofiarą było dziewięciodniowe niemowlę. Według szacunków przedstawionych w publikacji „Zagłada Michniowa”, drugiego dnia pacyfikacji zginęło 100 osób – 50 kobiet, 42 dzieci i 8 mężczyzn.

Ogółem, w dniach 12-13 lipca Niemcy zamordowali w świętokrzyskiej wsi 203 osoby, nierzadko całe wielopokoleniowe rodziny.