Różnica wysokości względem dna dolin leżących u jej podnóża sięga 760 m. Rozległy masyw Mogielicy jest zalesiony. Są to głównie lasy świerkowo-jodłowe i buczyna karpacka, wierzchołkowe partie zaś porasta skarlały las świerkowy. Ten las świerkowy to jedyny w całym Beskidzie Wyspowym fragment regla górnego. Wielki kompleks leśny stanowi ostoję wielu rzadkich zwierząt. Z większych ssaków występują tu: borsuk, popielica szara, wydra, jeleń, sarna, dzik, ryś , okresowo pojawiają się wilki. Z rzadszych płazów występuje kumak górski, traszka. Występowanie tutaj aż 105 gatunków ptaków lęgowych, w tym tak rzadkich, jak: głuszec, orlik krzykliwy, cietrzew, puszczyk uralski, włochatka, sóweczka, puchacz, dzięcioły białogrzbiety i trójpalczasty, siwerniak, czeczotka. Dla większości z nich Mogielica jest jedyną ostoją w całym Beskidzie Wyspowym.

Form skalnych jest niewiele. Z rzadka spotkać można niewielkie ostańce skalne i szczeliny skalne. Na północnej grani jest ambona skalna zwana Zbójnickim Stołem, na południowo-wschodnim grzbiecie opadającym do Przełęczy Słopnickiej, przy zielonym szlaku turystycznym znajduje się szereg zwietrzałych skał, natomiast na stromym południowym stoku opadającym od metalowego krzyża na polanę Stumorgi jest skalne rumowisko.

W 2011 na szczycie Mogielicy oraz na jej północnych stokach utworzono rezerwat przyrody o powierzchni 50,44 ha wraz z otuliną o powierzchni 90,69 ha. Głównym celem rezerwatu jest ochrona głuszca i jego środowiska oraz innych rzadkich gatunków ptaków, ich siedlisk przyrodniczych, a także form skalnych.

W masywie Mogielicy znajdowało się kilkanaście polan. Największa z polan to położona na południowo-zachodnim grzbiecie poniżej szczytu widokowa polana zwana Stumorgi. Dawniej stały na niej szałasy i mieszkańcy Jurkowa wypasali tu ogromne stada owiec. Obecnie, po zaprzestaniu wypasu, hala stopniowo zarasta, a jej powierzchnia uległa już zmniejszeniu. Na północnym grzbiecie znajduje się dużo mniejsza, lecz bardzo widokowa polana Wyśnikówka, stanowiąca charakterystyczny, rozpoznawalny z daleka element sylwetki Mogielicy. Na przedłużeniu tego grzbietu w północno-zachodnim kierunku (przy niebieskim szlaku) znajduje się druga co do wielkości Cyrla. Na polanie tej nadal prowadzi się koszarowy wypas owiec. Z wszystkich tych polan roztaczają się szerokie widoki. 

Po załamaniu się pasterstwa (z przyczyn ekonomicznych), polany ze szkodą dla walorów turystycznych i różnorodności biologicznej stopniowo zarastają w wyniku naturalnej sukcesji ekologicznej. Obserwować można stopniową zmianę zespołów roślinności (ziołorośla, borówczyska, maliny). Ostatecznym efektem takiej sukcesji zawsze jest las.

Pierwsze wzmianki o szczycie mamy już z XV wieku. Dawniej na szczycie Mogielicy stała drewniana wieża triangulacyjna, wznosząca się wysoko ponad koronami drzew. Pod nią oddział PTTK z Limanowej umieścił specjalną metalową skrzynkę z pamiątkowymi zeszytami, do których mogli wpisywać się zdobywcy szczytu. Wieża ta była kapitalnym punktem widokowym (oczywiście tylko dla odpornych na ekspozycję, wspinaczka trzema długimi, nieosłoniętymi drewnianymi drabinami i pobyt na odkrytym tarasie wymagał pewnej odwagi). Niestety zbutwiała z czasem i w 1980 r. zawaliła się. W sierpniu 2008 roku oddano do użytku nową, 20-metrowej wysokości wieżę widokową udostępnioną bezpłatnie turystom.

Kilkadziesiąt metrów na południowy wschód od wierzchołka znajduje się niewielki, metalowy, pamiątkowy krzyż poświęcony Janowi Pawłowi II, który – zanim został papieżem kilkakrotnie tędy wędrował. Na krzyżu jest tabliczka z jego słowami: „Wobec piękna gór czuję, że On jest... i wtedy zaczynam się modlić”. Niewielka polanka przy krzyżu jest dobrym punktem widokowym.
W czasie II wojny światowej Hala Stumorgowa wykorzystywana była jako miejsce zrzutów z samolotów alianckich dla działającej w okolicach partyzantki. Przy zielonym szlaku w dolnej części Mogielicy, na niewielkiej polance na „Wyrębiskach” jest krzyż, przy którym odbywały się msze partyzanckie. Na północnych zboczach Mogielicy (od strony Słopnic) 28 stycznia 1944 rozbił się podczas lotu ćwiczebnego samolot niemiecki He 111 H, pięcioosobowa załoga zginęła i jest pochowana na cmentarzu wojskowym w Krakowie.

W XVIII wieku ukrywał się na Mogielicy znany beskidzki zbójnik Józef Baczyński wraz ze swoim kompanem Świstakiem (od niego pochodzi nazwa jednego z leżących pod Mogielicą przysiółków Słopnic – „Do Świstaka”). Podobno zrabowane przez niego skarby znajdują się zakopane w lesie Mogielicy, a przez kilka lat strzegła ich kochanka Baczyńskiego. Inne jeszcze z ludowych podań lokalizuje ukryty zbójnicki skarb na polanie Brzostek pod Przysłopkiem.

Od dawna Mogielica była celem wycieczek turystycznych. Mogielica należy do Korony Gór Polski. Od dawna rozważa się też wybudowanie schroniska górskiego. Na szczycie Mogielicy od wielu już lat organizowany jest w sierpniu (w przedostatnią niedzielę) coroczny „Złaz turystyczny – Mogielica”. Jego organizatorami są gminy, na których terenie leży ten szczyt. Jest możliwość uprawiania turystyki konnej oraz narciarskiej. Popularność szczytu wzrosła od czasu wybudowania na nim wieży widokowej.

Dzięki unikalnemu mikroklimatowi (pokrywa śnieżna utrzymuje się bardzo długo) w masywie góry utworzono Trasę Narciarstwa Biegowego Mogielica. Jest to najwyżej położony i najdłuższy tego typu obiekt w Małopolsce. Obecnie trasa ma 23 km i przebiega szerokimi drogami leśnymi wokół Mogielicy i wciąż jest rozbudowywana.