20 czerwca 1944 r. oddział policjantów litewskich z Podbrzezia wkroczył do Glinciszek i zamordował 39 Polaków, nie oszczędzając kobiet ani dzieci. Wśród ocalałych była Irena Sławińska, późniejsza profesor Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, która sporządziła wówczas listę zamordowanych. Do ofiar zbrodni w  Glinciszkach zalicza się też administratora majątku, Władysława Komara - ojca wybitnego lekkoatlety o tym samym imieniu - który został zabity przez Litwinów w okolicy Podbrzezia.

Mord w Glinciszkach odebrano jako początek akcji likwidacyjnej ludności polskiej na tych terenach w okresie wycofywania się wojsk niemieckich.

- pisał Jarosław Wołkonowski w książce „Okręg Wileński Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej w latach 1939-1945”.

Ze zbrodnią w Glinciszkach wiąże się polski odwet. Żołnierze 5 Wileńskiej Brygady AK zaatakowali 23 czerwca 1944 roku wieś Dubinki na terenie Litwy Kowieńskiej i zabili w niej 27 osób. Miały to być rodziny litewskich policjantów oraz innych Litwinów kolaborujących z Niemcami. Wśród ofiar znalazły się także kobiety i dzieci. Było to działanie samowolne, bo Aleksander Krzyżanowski „Wilk”, dowódca Okręgu Wileńskiego AK zakazywał odwetu na ludności cywilnej. Mord w Glinciszkach nie był jedyną zbrodnią popełnioną przez litewskie siły kolaboracyjne na Polakach. Jarosław Wołkonowski wymienia wsie, w których nieco wcześniej, w maju 1944, doszło do mordów: Pawłów, Adamowszczyzna, Sieńkowszczyzna.

Masowa zbrodnia została dokonana w Święcianach i Łyntupach 19-20 maja 1942 r., gdy śmierć trzech Niemców, zabitych przez sowiecką partyzantkę, litewskie siły policyjne wykorzystały jako pretekst do masakry ludności polskiej. Zginęło wówczas - według śledztwa IPN - ok 400 Polaków, głównie z inteligencji. W opracowaniach historyczych pojawia się także większa liczba ofiar - 1200.

Był to prawdziwy, krwawy pogrom ludności polskiej na tym terenie.

- pisał prof. Piotr Łossowski w książce „Polska-Litwa. Ostatnie sto lat”.

Litewska kolaboracyjna formacja policyjna Ypantigas Burys brała udział w egzekucjach w podwileńskich Ponarach, miejscu masowej kaźni, w którym zabito wedug różynch danych od 1, 5 tys do kilkunastu tysięcy Polaków i 56-70 tys. Żydów.