Dzieje stadniny sięgają wojen napoleońskich, w wyniku których liczba koni na ziemiach polskich gwałtownie spadła. Konie były nazbyt cenne dla armii i gospodarki, by nie dostrzegli ich ówcześni rządzący. 

W latach 30.–40. XIX w. janowska stadnina stała się poważnym ośrodkiem hipologicznym na centralnych ziemiach Polski. W 1841, według planów architekta Henryka Marconiego, wzniesiono pierwszą murowaną stajnię „Czołową”, a w 1848 drugą „Zegarową” z neogotycką wieżą, do której kupiono zegar za olbrzymią wówczas sumę 363 ruble.

Oprócz rządowego stada koni znajdowała się tu także szkoła weterynaryjna oraz szkoła praktyczna hippiki i ujeżdżania (od 1824 roku). W posiadaniu zarządu stada znajdowały się m.in. puchary i medale oraz inne odznaczenia koni kupionych w Europie. 

W 1885 wzniesiono stajnie murowaną z 85 boksami. Zakupiono szereg cennych koni w Europie Zachodniej, w tym konie pełnej krwi angielskiej oraz arabskiej. To właśnie wtedy pojawiły się w Janowie pierwsze araby. Na przełomie XIX i XX wieku Janów Podlaski był najważniejszym ośrodkiem hodowlanym oraz wiedzy hipologicznej w zachodniej części Imperium Rosyjskiego.

Na początku XX wieku Janów dochował się charakterystycznego konia janowskiego, jak to ujęto w literaturze fachowej – „o prawidłowej mocnej budowie oraz jędrnej i odpornej konstytucji”. Cały ten dorobek zaprzepaściła I wojna światowa. W lutym 1915 stado wywieziono na wschód i tam prawie wszystkie zginęły. 

Myśl odtworzenia od podstaw stadniny w Janowie podjęła po 1918 grupa zapaleńców i hipologów polskich. W kwietniu 1919 roku do pustych i zniszczonych stajni Janowa sprowadzono klacze czystej krwi arabskiej. W 1924 stadnina janowska zaczęła się specjalizować w hodowli rumaków czystej krwi arabskiej. Okres rozkwitu przerwał wybuch następnej wojny. 

Rozkwit stadniny nastąpił pod koniec lat 50. XX w., kiedy dyrektorem został człowiek związany ze stadniną od grudnia 1939, Andrzej Krzyształowicz. Jemu przypadła rola opiekowania się końmi wywożonymi przez Niemców, on też doprowadził do zorganizowania jesienią 1969 pierwszej aukcji koni arabskich. Od tamtej pory udało się sprzedać za granicę blisko 1000 arabów. Największymi sukcesami finansowymi było sprzedanie w 1980. janowskiego ogiera El Paso za 1 milion dolarów, a w 1985. klaczy Pencylina z 1,5 mln dolarów. Na akcji w 2015. uzyskano cenę 1,4 mln euro za klacz Pepita, a sprzedaż na tej aukcji zamknęła się kwotą 4 mln euro.