W bazylice watykańskiej była tylko asysta liturgiczna i mała grupa osób, głównie duchownych, siedzących w ławkach w dużej odległości od siebie.

Msza miała bezprecedensowy charakter, a jej przebieg został zmieniony w związku z pandemią. Nie odbył się obrzęd obmycia przez papieża stóp 12 osobom w geście pokornej służby.

W improwizowanej homilii w Wielki Czwartek, dzień obchodzony jako święto kapłanów, Franciszek nawiązując do pandemii podkreślił, że w całych Włoszech zmarło w jej trakcie ponad 60 księży, którzy opiekowali się chorymi w szpitalach. Wspomniał też o zmarłych lekarzach, pielęgniarzach, pielęgniarkach. 

- To święci z sąsiedztwa, księża, którzy służąc oddali życie

- dodał papież.

Przypomniał, że rano nie odbyła się dedykowana księżom Msza Krzyżma, i wyraził nadzieję, że będzie można ją odprawić przed Zielonymi Świątkami. - Jeśli nie, trzeba będzie ją przełożyć na przyszły rok - dodał. 

Franciszek wspomniał też o księżach "oczernianych", którzy "często nie mogą wyjść na ulicę, bo słyszą obelgi w odniesieniu do dramatu, jaki przeżyliśmy wraz z ujawnieniem kapłanów, którzy dopuścili się złych rzeczy".

- Niektórzy mówili mi, że nie mogą wyjść w ubraniu księży, bo są obrażani

- dodał.

Czwartkowa msza była wyjątkowym wydarzeniem w pontyfikacie Franciszka, który od wyboru na papieża w 2013 roku odprawiał Mszę Wieczerzy Pańskiej poza Watykanem - w więzieniach, zakładach karnych dla nieletnich, klinikach, ośrodkach dla uchodźców - czym wywoływał duże zaskoczenie. Po raz pierwszy przewodniczył jej w bazylice Świętego Piotra.