Urodził się 8 listopada 1955 roku w Stalowej Woli i tu ukończył Szkołę Podstawową oraz Liceum Ogólnokształcące im. Komisji Edukacji Narodowej. W 1980 roku ukończył studia na Wydziale Historii Uniwersytetu Jagiellońskiego, Doktor Nauk Humanistycznych Uniwersytetu Wrocławskiego (1993), Doktor habilitowany Uniwersytetu Wrocławskiego (2003), Prof. nadzwyczajny (2004), Prof. dr hab. (2013). W latach 1980–1986 pracował w Archiwum Państwowym w Krakowie, potem wyjechał do USA i pracował w Instytucie Piłsudskiego w Nowym Jorku, w l. 1989–1992 jako wicedyrektor i w l. 1992–2001 jako dyrektor tej instytucji. Jako dyrektor Instytutu Józefa Piłsudskiego w Nowym Jorku był odpowiedzialny m. in. za działalność naukowo-wydawniczą, zarządził i przeprowadził uporządkowanie zbiorów i opublikowanie obszernego przewodnika po zbiorach IJP-NY (zawierającego m. in. szereg kolekcji dotyczących Legionów Polskich), odpowiadał za wydanie drukiem monografii i wspomnień oraz materiałów pokonferencyjnych dotyczących m. in. Legionów Polskich i Piłsudskiego. Organizował koncerty, odczyty, wystawy. Pracował dla polonijnego radia Studio 3, prowadził wywiady (m. in. z Januszem Kurtyką czy Normanem Davisem). Był redaktorem rocznika  „Niepodległość” (Warszawa, Londyn, Nowy York), pracował też nad indywidualnymi edycjami: Wacław Jędrzejewicz, Wspomnienia, opracował i posłowiem opatrzył J. Cisek, Ossolineum, Wrocław 1993.

Po powrocie do kraju podjął pracę w Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego, jako wicedyrektor Departamentu Unii Europejskiej i Współpracy Międzynarodowej w l. 2001–2002. Był wtedy delegatem ministerstwa do Rady Europy. W latach 2002-2003 pełnił funkcję wiceprezydenta rodzinnej Stalowej Woli.

Od 2004 roku pracował w Instytucie Europeistyki Uniwersytetu Jagiellońskiego jako Kierownik Zakładu Historii i Kultury Europy Środkowej i nauczyciel akademicki. Ogromnie lubiany przez studentów, ceniony przez magistrantów i doktorantów wkładał w tę pracę serce. Koledzy z Instytutu bardzo cenili sobie współpracę z Profesorem, a także jego sposób bycia, kulturę i dorobek naukowy. Na wykładach i seminariach przekazywał tak szeroką i ciekawą wiedzę, że gromadził na nich wielkie grupy studentów.

W latach 2006-2012 był dyrektorem Muzeum Wojska Polskiego, i tu przygotowywał wystawy na których potrafił zgromadzić niezwykle cenne i rzadkie eksponaty. Na Wystawie Wojny 1920 można było zobaczyć pamiątki po gen. Maximie Veygandzie udostępnione po raz pierwszy do polskiego muzeum. W dwudziestolecie jednostki „Zanim uderzył Grom – historia jednostek specjalnych” począwszy od Cichociemnych i pokazy współczesnych sztuk walki, czy „Pamięć nie dała się zgładzić” o zbrodni katyńskiej. Był Autorem projektu "Dotknij Niepodległości", który zapoczątkował w Muzeum Wojska Polskiego gromadząc corocznie tysiące widzów na ulicach Warszawy i w Muzeum. Noce Muzeów były wyróżniającymi wydarzeniami za sprawą zapraszanych rekonstruktorów i parad, specjalnych ekspozycji i pokazów. Rozpoczął budowę Muzeum Wojska Polskiego jako niezwykłego parku historycznego w Cytadeli Warszawskiej i powołał Muzeum Katyńskie. Gościł naukowców i polityków z całego świata. Był inicjatorem eMWPaedia

W latach 2012-2013 pracował w Ministerstwie Spraw Zagranicznych jako Podsekretarz stanu ds. Polonii.

Był Autorem i współautorem wielu prac naukowych monografii, wydawnictw źródłowych, edycji pamiętników, tłumaczeń oraz wielu artykułów naukowych i popularnonaukowych. Ważniejsze to: Kalendarium  życia Józefa Piłsudskiego 1967-1935", Tom I-IV, (wraz z Wacławem  Jędrzejewiczem), który wstępem opatrzył Zbigniew Brzeziński, Sąsiedzi wobec wojny 1920, album Józef Piłsudski, Józef Piłsudski w Krakowie, Kościuszko, we are here, Polish Refugees and the Polish American Immigration and Relief Committee, Rok 1914 w  dokumentach i relacjach, Kraków 2006, Lista Strat Legionów Polskich 1914-1918, Kraków 2006 (wraz z Kamilem Stepanem), album Do Niepodległości, (z Markiem Ciskiem). Był autorem scenariuszy i konsultantem filmów historycznych, gospodarzem programu "Konflikty, bitwy, wojny" na kanale TVP Historia – cyklu przedstawiającego, wydarzenia wojenne i dzieje techniki militarnej. Był konsultantem historycznym filmu "1920. Bitwa Warszawska". Przez ostatnie piętnaście lat pracował nad Słownikiem Legionistów Polskich 1914-1918, w którym wraz z zespołem zgromadził biogramy ok. 55.000 żołnierzy Legionów Polskich. Do tej pory ukazały się dwa z planowanych 10 tomów i zawierający słownik portal www.żołnierze-niepodleglości.pl na stronach Muzeum Józefa Piłsudskiego w Sulejówku.

Dzięki wsparciu Profesora Ciska Muzeum Marszałka Piłsudskiego otrzymało zgodę od syna Wacława Jędrzejewicza na druk jego wspomnień.

Janusz Cisek przede wszystkim tworzył, budował i pracował angażując się w każdy projekt w 100 procentach. Nie umiał odpoczywać bo cenił czas w jakim mógł solidnie oddać się realizacji swoich planów i podjętych projektów. Był niezwykłym człowiekiem zaangażowanym także w prace społeczną np. jako komendant Strzelca. Pomagał, inspirował, wymagał i wspierał swoich studentów, współpracowników i pasjonatów historii i nauki.

Za swą pracę i realizacje pasji w 2009 roku został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.

To zawodowa droga naukowa Janusza, do której dołączyłam na przełomie 2013/2014. Poznaliśmy się wiosną 2007 roku kiedy uczestniczyłam w wykładach Profesora „Historia społeczna Europy”. Prawdą jest wszystko to co pisali i piszą o nim jego studenci. Miał ogromną wiedzę, mówił nie posiłkując się notatkami zawsze ciekawie i inspirująco. Wtedy czekaliśmy na sali wykładowej do której wszedł Profesor nie zwracając specjalnie uwagi studentów ale po chwili zaczął mówić i zrobił wrażenie, i od tej chwili jego słów, wykładu, opowieści można było słuchać, słuchać, słuchać… Mówił o wszystkim co w historii ciekawe, trudne, zawiłe czy śmieszne. Mówił o narodzinach turystyki i twórczości oraz życiorysie Joe Alexa, opowiadał o lotnictwie i o królowej Marii Leszczyńskiej, o tym co mieli ze sobą wspólnego King-Kong i Wojna 1920 roku, o różnicy miedzy filmowym akompaniamentem fortepianu i skrzypiec. O wydarzeniach związanych z Marszałkiem Piłsudskim, z jego działaniami i całą epoką wiedział wszystko. Znał muzea, archiwa, zbiory bibliotek, instytutów naukowych i innych instytucji kultury. Był koneserem i kolekcjonerem sztuki i tą pasją dzielił się ze mną, pokazał mi aukcje i nauczył dokonywania wyborów i to dzięki jego rekomendacji, a także akceptacji mam swój mały zbiór. Był niezwykłym nauczycielem, cierpliwym, wymagającym i inspirującym. Spotykaliśmy się często w podróży pomiędzy Krakowem i Warszawą, czasem w Muzeum Wojska Polskiego, które było w centrum zainteresowań moich synów, a z czasem i ja zainteresowałam się wystawami, z których szczególne były „Rara et curiosa” i „Sztuka w Legionach Polskich”. Przez kolejne lata widywaliśmy się w IE, w podróży, czasem umawiając się na wspólną jazdę do Krakowa lub z powrotem. Najczęściej rozmawialiśmy o wszystkim, dzieciach, zmieniającym się kraju i świecie, podróżach, planach, czasem to Profesor opowiadał i wtedy podróż mijała szybko i ciekawie. Wspominaliśmy PRL. Aż przyszedł rok 2013 i Profesor zaprosił mnie „na chwilę” do opracowania i uporządkowania zbioru pt. Wykaz legionistów polskich, który, jako „biegła” w sprawach komputerowych i zorientowana w temacie miałam przygotować organizacyjnie tj. poskładać z kawałków i merytorycznie tj. uzupełnić o dane z niektórych archiwów, a usunąć dane niepotrzebne. Zajęło to kilka miesięcy i stopniowo pochłonęło mój czas wolny. Potem pochłaniało mój mniej wolny i w końcu całe dnie. Praca rozrastała się przybywało archiwów i dokumentów do opracowania. Do zespołu dołączył Łukasz Wieczorek młody historyk-archiwista. W roku 2015 Profesor przedefiniował naszą pracę i zdecydował, że wykaz legionistów to mało ambitne zadanie i należy opracowywać stopniowo wszystkie gromadzone dane, possiłkując się nie tylko archiwami ale także wspomnieniami, monografiami, lokalną prasą, innymi słownikami biograficznymi itp. tak aby wielki pomnik legionistów był najbardziej kompletny. Sam Profesor pracował bez odpoczynku, zawsze wskazywał drogę poszukiwań danych, organizował pracę i znajdował czas na merytoryczne wskazówki, podpowiedzi czy wręcz poprawki. Pod jego kierownictwem odwiedzałam w tym czasie archiwa państwowe, zbierałam informacje w Muzeach Diecezjalnych, przeszukiwałam internet w poszukiwaniu nowych zbiorów. Nasza praca łatwo przekształciła się w niekończącą się opowieść bo zawsze znajdowaliśmy coś do uzupełnienia. Często spotykaliśmy się w naszym domu w Zalesiu Górnym aby omówić wykonane zadania i zaplanować dalsze. Janusz zebrał dobry zespół, osoby bardzo potrzebne jak nasz redaktor merytoryczny pan Wacław Szczepanik, edytor pan Paweł Staszczak czy Kasia Grzyb. Praca z Profesorem to wspaniała niezwykła, przygoda, którą teraz pod jego okiem ale już z gwiazd będziemy kończyć.

Ostatnie lata Janusz żył w rygorze terapeutycznym, robił badania, odwiedzał lekarzy dzięki którym następowała stopniowa poprawa jego zdrowia. Pomimo nie zawsze dobrej formy fizycznej pracował ponad siły nie oszczędzał się, bywał zmęczony, słabszy, zmieniał się, chudł, czasem zostawał w szpitalu ale zawsze miał plany, które z radością pomagałam mu realizować. W listopadzie 2018 czekając na jego wyjście ze szpitala organizowałam wraz z pracownikami Muzeum w Łańcucie opartą o gromadzone latami jego wspaniałe zbiory wystawę „Ze sztalugą w okopie” do której katalog i opisy sam przygotowywał (na stronach muzeum). Profesor wykładał także na naszym zalesiańskim Uniwersytecie Każdego Wieku gdzie mówił m. in. o sztuce w LP, o relacjach nowopowstałego państwa polskiego z sąsiadami, a także o wyborach prezydenckich w Ameryce. Zawsze gromadził sporą, ciekawą publiczność. W 2017 roku realizowaliśmy projekt „Do Niepodległości” (www.doniepodleglosci.pl), który był jego pomysłem i wiązał się z podróżami. Janusz zniósł je dobrze zwłaszcza, że robił to co najbardziej lubił – dzielił się wiedzą o I wojnie światowej, Legionach Polskich, Marszałku Piłsudskim w swoich rodzinnych stronach. To długie podróże pozwalały nam nagadać się, omówić plany, przyszłe projekty ale przede wszystkim zastanowić się do jakiej instytucji powinniśmy się zwrócić aby nasz „Słownik Legionistów Polskich 1914-1918” nad którym solidnie i długo pracujemy wreszcie wydrukować aby trafił do potomków legionistów, pasjonatów historii, do bibliotek. Aby mogli oni dotknąć takiego niecodziennego upamiętnienia czynów wielu tysięcy bohaterów. Druk pierwszych dwóch tomów pomógł sfinansować grant z Wydziału kultury krakowskiego magistratu a pozostałe osiem? Z pomocą przyszła Pani Krystyna Piórkowska (znająca Pana Janusza od prawie 30 lat, która służyła jako Skarbnik Instytutu Piłsudskiego w NYC) i jej Domek Associates. Dzięki jej wsparciu przeprowadziliśmy prace edycyjne i redaktorskie tomów 3-5 i uzupełnienia t. 1-2. Kilkakrotnie występowaliśmy do instytucji publicznych powołanych do wspierania takich projektów jak nasz. Dwukrotnie odmówił wsparcia finansowego prac i publikacji minister Gowin uzasadniając odmowę tym, że nasz zespół nie jest w stanie słownika opracować, odmówiła Polska Fundacja Narodowa nie podając przyczyny, odmówił minister Sellin. Rozmawialiśmy w połowie lutego z  Muzeum Krakowa, które wspólnie z Muzeum Józefa Piłsudskiego czyli obecnie naszą macierzystą instytucją słownik wydrukują.

Od początku 2019 roku, z krótkimi przerwami Janusz przebywał i mieszkał ze mną i moją rodziną w Zalesiu Górnym. Z podejrzeniem zapalenia płuc i wysoką gorączką trafił do szpitala Św. Anny w Piasecznie pod Warszawą. Kiedy w czwartek (27 lutego 2020) rozmawiałam z Januszem w szpitalu powiedział

Zobacz, tyle lat pracy i pewnie nie zobaczę wydrukowanego słownika.

ale mi wydawał się trochę silniejszy więc powiedziałam Myślę, że zobaczysz. Byłam pewna, że zobaczy...