Okolice Bochni już od ok. 3500 lat p.n.e. były znane z uzyskiwania soli przez odparowywanie wody z solanki (sól warzona).Początki kopalni sięgają roku 1248, kiedy to odkryto pokłady soli kamiennej. Odkrycie to jest związane z legendą o św. Kindze.

Bocheńska kopalnia była przedsiębiorstwem królewskim, przynoszącym olbrzymie dochody Rzeczypospolitej. Od XIII wieku do 1772 wchodząca w skład żup krakowskich. W 1368 roku Kazimierz Wielki wydał dokument zwany Statutem żupnym. W tym czasie eksportowano sól na Ruś i na Węgry. W kopalni pracowało od 120 do 150 osób. W XV i XVI wieku kopalnia w Bochni (Żupa bocheńska) w ramach żup krakowskich, a więc wraz z kopalnią soli w Wieliczce, rozwinęła się znacznie – zatrudniając około 500 kopaczy (górników). W XVII wieku za przyczyną wojen i upadku gospodarczego kraju nastąpiło zahamowanie rozwoju przedsiębiorstwa.

Po roku 1772 kopalnia dostała się w ręce austriackie i pozostawała pod kontrolą tego kraju przez okres rozbiorów aż do roku 1918. Dopiero w XX w. z powodu wyczerpujących się pokładów soli i związanej z tym nieopłacalności wydobycia nastąpiło zaniechanie produkcji na skalę przemysłową.
W 1981 wpisano historyczne wyrobiska do rejestru zabytków. Kopalnia przekształciła się w obiekt turystyczny i leczniczy. 

W 1990 roku definitywnie zakończono przemysłowe wydobycie soli w kopalni. Pośród wielu zabytkowych urządzeń kopalni funkcjonuje sprawny i okazjonalnie uruchamiany mechanizm napędowy wind w szybach napędzany maszyną parową. Jest to unikatowy w Europie czynny zabytek techniki. 6 października 2000 roku obiekt został wpisany na listę Pomników historii. 23 czerwca 2013 kopalnia została wpisana na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Przyrodniczego Ludzkości UNESCO.