Przyszedł na świat 30 listopada 1591 r. w Strachocinie koło Sanoka, w rodzinie szlacheckiej. Wychowano go w duchu katolickim. Pierwsze nauki pobierał w szkole prowadzonej przez zakon Towarzystwa Jezusowego w Wilnie. W 1611 r. wstąpił do jezuitów. Jako zakonnik kontynuował studia filozoficzne i teologiczne na Akademii Wileńskiej. W 1622 r. otrzymał święcenia kapłańskie. W latach 1623-24 był rektorem kościoła, kaznodzieją, spowiednikiem, misjonarzem ludowym i prefektem młodzieży w Nieświeżu. Pracował też jako misjonarz na wsi wileńskiej. W latach 1624-30 kierował Sodalicją Mariańską w Wilnie. Wykazał się dużą ofiarnością m.in. podczas zarazy w tym mieście w 1628 r. Od 1630 r. był przełożonym klasztoru jezuitów w Bobrujsku. W latach 1633-35 był moderatorem Sodalicji Mariańskiej wśród młodzieży w Połocku, a w roku 1636 został mianowany kaznodzieją w Warszawie. W latach 1638-42 był kaznodzieją w Łomży, potem w Wilnie, a od roku 1652 oddał się pracy misyjnej w Pińsku. W maju 1657 r. Janów Poleski, gdzie wtedy przebywał, został opanowany przez oddział Kozaków, którzy dokonali rzezi katolików i Żydów. Andrzej Bobola usiłował szukać schronienia w pobliskiej wsi Peredił. Został jednak ujęty przez oddział kozacki, przewieziony do Janowa. Na środku rynku poddano go torturom i zamordowano. 

Andrzej Bobola został pochowany w podziemiach Kościoła Jezuitów w Pińsku. W XVIII w. w Polsce, ale także m.in. w Niemczech i Austrii rozwijał się kult męczennika. W 1702 r. jego ciało zostało ponownie pogrzebane w Pińsku. W 1808 r. przewieziono je do Połocka. W 1853 r. Bobola został beatyfikowany przez papieża Piusa IX. W 1922 r. szczątki męczennika zostały zbezczeszczone przez bolszewików. W wyniku starań papieża Piusa XI przeniesiono je do Rzymu. W 1938 r. Bobola został kanonizowany, a jego relikwie przewiezione do Polski. Złożono je w Sanktuarium Księży Jezuitów w Warszawie przy ul. Rakowieckiej. W 1992 r. św. Andrzej Bobola został ustanowiony patronem metropolii warszawskiej, obejmującej archidiecezję warszawską oraz diecezje: warszawsko-praską, płocką i łowicką. W 2002 r. ogłoszono go patronem Polski.