Powstanie rozpoczęło się 23 sierpnia 1919 roku o godz. 3 rano. Trzy godziny później miasto zostało zdobyte przez Polaków. 26 sierpnia z rana Litwini je odbili, ale tylko na kilka godzin. Powstańcy zostali wsparci przez 41. Suwalski Pułk Piechoty. Litwini natarli ponownie na Sejny 28 sierpnia, ale Polacy obronili miasto. W powstaniu zginęło 54 Polaków, w tym osoby cywilne.