11 lipca 1683 r. król wydał dyplom fundacyjny dla klasztoru i tuż przed wyprawą na Wiedeń położył kamień węgielny. podczas ceremonii towarzyszli mu królowa Maria Kazimiera, synowie, nuncjusz apostolski Opizo Pallavicini arcybiskup Efezu, biskup Wierzbowski, senatorowie, hetmani, ministrowie i tłumy warszawiaków. Na kamieniu, zamiast pierwotnych słów

Christo Redemptori Joannes III. Polon. Rex…

król nakazał wyryć słowa

Christo Triumphatori Joannes III. Polon. Rex…

Napis na fryzie świątyni Te decet Hymnus Deus in Syon, Tibbi reddam veta mea in conspectu omnis populi brzmi: Ciebie należy wielbić, Boże, na Syjonie. Tobie śluby dopełniać, co próśb wysłuchujesz.

Poświęcenie kościoła odbyło się 11 października 1692 roku, ale jego budowa zakończyła się dopiero dwa lata później. Dzwon pochodził z zegara pałacowego w Wilanowie. W kaplicy zw. królewską złożono w 1830 roku serca króla. W sarkofagu zamurowane są też jego wnętrzności. Znajduje się on po prawej stronie ołtarza, po lewej zaś stronie jest sarkofag Augusta II Mocnego a w nim szara  marmurowa urna ze szczątkami króla.