Kiedy 6 lat później do Wiecznego Miasta przybył po koronę cesarską Otton III, zastał tam m.in. Wojciecha, którego  upatrzył sobie na spowiednika. Jednym z efektów rzymskiego spotkania i wielu rozmów z papieżem, było postanowienie, że w państwie piastowskim powstanie nowa prowincja kościelna ze Sławnikowiczem na czele. I tak w drodze powrotnej cesarza towarzyszył mu przyszły święty, który przez Cieszyn, Bytom i Opole jechał na spotkanie ze swym nowym władcą. Przyjęty na dworze Chrobrego z wielkimi honorami, rozpoczął od zainicjowania budowy klasztorów benedyktyńskich m.in. w Trzemesznie i Tyńcu. Niemal natychmiast też postanowił osobiście ruszyć na misję do Pomorzan i Prusaków. Najpierw dojechał do Gdańska, gdzie ochrzcił tamtejszego księcia, po czym wypłynął wzdłuż wybrzeża na wschód. Na suchy ląd zszedł koło Bałgi. Nie zezwolił by w dalszej podróży towarzyszyła mu przydzielona drużyna zbrojnych. W głąb ziem pruskich udał się z kilkoma klerykami. Nauczał w osadach Rybaki, Tenkitten i in.

Z pochodzenia jestem Słowianinem. Nazywam się Adalbert, z powołania zakonnik; niegdyś wyświęcony na biskupa, teraz z obowiązku jestem waszym apostołem. Przyczyną naszej [tu] podróży jest wasze zbawienie, abyście – porzuciwszy głuche i nieme bałwany – uznali Stwórcę naszego, który jest jedynym Bogiem i poza którym nie ma innego boga; abyście, wierząc w imię Jego, mieli życie i zasłużyli na zażywanie w nagrodę niebiańskich rozkoszy w wiecznych przybytkach.

– mówił św. Wojciech przez tłumacza.

23 kwietnia 997 roku, gdy odpoczywał w Chollin po mszy odprawionej w świętym gaju, został otoczony przez 7 strażników tego miejsca prowadzonych przez kapłana, i zamordowany. Jak głosi legenda, jego ciało wykupił Bolesław, oddając tyle srebra, ile ważył święty, a następnie pochował go w Gnieźnie. Bardzo szybko zaczęto uważać Wojciecha za świętego, jak grzyby po deszczu powstawały na ziemiach polskich i w całej Europie kościoły pod jego wezwaniem.

Relikwie św. Wojciecha oraz jego brata Radzima złożone w katedrze gnieźnieńskiej zostały wywiezione do Czech przez księcia Brzetysława I, który w 1038 najechał na Polskę. Do dziś znajdują się w katedrze św. Wita w Pradze.