Ks. mjr Marszałek prawdopodobnie został pochowany potajemnie na Służewie w Warszawie. Komuniści do zbiorowych mogił składali tam ciała polskich patriotów, a także kryminalistów i zbrodniarzy wojennych. Szczątków duchownego do dziś nie odnaleziono.

W najbliższą niedzielę, gdy przypada rocznica śmierci "Opoki", w intencji duchownego odprawiona zostanie msza św. w kościele parafii Najświętszej Krwi Jezusa Chrystusa w Bystrej, gdzie ks. Rudolf pełnił posługę kapłańską. Złożone zostaną kwiaty przed tablicą pamiątkową obok świątyni.

Ubowcy aresztowali duchownego 12 grudnia 1946 r. w Chorzowie. Następnego dnia trafił do więzienia w Katowicach lub Bytomiu. 31 grudnia został przewieziony do więzienia na Mokotowie w Warszawie. Śledztwo prowadził m.in. ppłk Józef Różański. Zostało ono zakończone 16 sierpnia 1947 r. Jak wspomniał Ścibut, akt oskarżenia sporządził 25 sierpnia śledczy MBP chor. Edgar Kaczmarek, a zatwierdził kierownik sekcji III Wydziału II Departamentu Śledczego MBP kpt. Bronisław Szymański, naczelnik Wydziału płk Adam Humer oraz prokurator Maksymilian Lityński.

Sąd skazał ks. Marszałka na karę śmierci. Wyrok został wykonany przez sierż. Piotra Śmietańskiego 10 marca 1948 r. o godz. 21.55. Prokurator, lekarz i kapelan więzienny nie byli obecni.