W końcu stycznia 2019 r. do Sądu Rejonowego dla Warszawy-Woli trafił akt oskarżenia przygotowany przez prokuratora IPN przeciw byłym funkcjonariuszom SB Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych - Grzegorzowi P., Waldemarowi O. (dawniej Waldemar C.) i Leszkowi N. (dawniej Leszek P.). Chodzi o sprawę "tworzenia fałszywych dowodów w celu skierowania przeciwko ks. Jerzemu Popiełuszce ścigania o przestępstwo". Oskarżenie dotyczy tzw. prowokacji na Chłodnej, czyli podrzucenia przez SB do mieszkania duchownego w 1983 r. materiałów mających go obciążać.

"Sąd rejonowy postanowił zwrócić się do Sądu Apelacyjnego w Warszawie (...) o przekazanie niniejszej sprawy do rozpoznania Sądowi Okręgowemu w Warszawie jako sądowi I instancji ze względu na jej szczególną wagę"

- poinformowała sekcja prasowa warszawskiego SO. Postanowienie sądu rejonowego w tej sprawie zostało podjęte w połowie lutego.

Jak w styczniu informował PAP naczelnik Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Warszawie prok. Marcin Gołębiewicz "przestępcze działania oskarżonych polegały na nielegalnym wejściu do mieszkania należącego do ks. Jerzego Popiełuszki w Warszawie przy ul. Chłodnej, pozostawieniu w nim amunicji, materiałów wybuchowych oraz ulotek i wydawnictw, których posiadanie było wówczas zabronione, a następnie doprowadzeniu do ich ujawnienia w wyniku przeszukania przeprowadzonego w dniu 12 grudnia 1983 r., co skutkowało wdrożeniem przeciwko pokrzywdzonemu postępowania karnego".

Postępowanie karne przeciwko ks. Popiełuszce dotyczyło czynu z art. 194 Kodeksu karnego z 1969 r. Brzmiał on następująco: "Kto przy wykonywaniu obrzędów lub innych funkcji religijnych nadużywa wolności sumienia i wyznania na szkodę interesów PRL podlega karze wolności od roku do lat 10" i był wykorzystywany przez władze PRL w sprawach dotyczących rzekomych przestępstw politycznych duchowieństwa.

Prokurator IPN dodawał, że zarzucane oskarżonym zachowania stanowiły akt represji oraz prześladowania duchownego z powodów politycznych i religijnych.

- Oskarżonym zarzucono popełnienie przestępstw z art. 235 kk i 231 § 1 kk, wypełniających jednocześnie znamiona zbrodni komunistycznych i zbrodni przeciwko ludzkości. Czyny zarzucone oskarżonym są zagrożone karą pozbawienia wolności do lat trzech

 - mówił prok. Gołębiewicz.

Księdza Jerzego Popiełuszkę - duszpasterza ludzi pracy, kapelana Solidarności - zamordowali funkcjonariusze SB w nocy z 19 na 20 października 1984 roku.

Ksiądz był obserwowany przez SB już na dwa lata przed śmiercią. Założono mu podsłuch, próbowano też doprowadzić do wypadku samochodowego. W mieszkaniu przy ul. Chłodnej funkcjonariusze SB dokonali prowokacji, podrzucając kilkanaście tysięcy ulotek, farbę drukarską, granaty z gazem łzawiącym, naboje i materiał wybuchowy. Miały to być dowody do przygotowywanego procesu sądowego. Starano się go za wszelką cenę skompromitować.

Po zabójstwie ks. Popiełuszki w październiku 1984 r. proces jego zabójców (tzw. proces toruński) rozpoczął się 27 grudnia w Sądzie Wojewódzkim w Toruniu. Odbyło się 21 rozpraw, oskarżono i skazano na więzienie cztery osoby: kpt. Grzegorza Piotrowskiego (głównego zabójcę księdza) i płk. Adama Pietruszkę (przełożonego Piotrowskiego) na 25 lat pozbawienia wolności, a także por. Leszka Pękalę i por. Waldemara Chmielewskiego odpowiednio na 15 i 14 lat więzienia. Wszyscy byli funkcjonariuszami Departamentu IV MSW, którego celem w latach PRL było zwalczanie Kościoła katolickiego.

Mimo upływu ponad 34 lat od zabójstwa ks. Jerzego do dziś nie wiadomo, czy za zabójcami z IV Departamentu MSW stali wyżej usytuowani mocodawcy. W tej sprawie toczy się odrębne śledztwo IPN, które ma ustalić odpowiedzialność tych osób, które w MSW zajmowały wyższe stanowiska. Czynności śledcze w tej sprawie prokuratora IPN obejmują m.in. przesłuchania osób, w tym byłych funkcjonariuszy państwa komunistycznego. Celem postępowania jest ustalenie podstaw odpowiedzialności karnej za kierowanie uprowadzeniem i zabójstwem ks. Popiełuszki przez osoby zajmujące w hierarchii służbowej MSW stanowiska wyższe niż wiceminister spraw wewnętrznych – szef Służby Bezpieczeństwa Władysław Ciastoń i dyrektor Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych Zenon Płatek.