Ministerstwo, wykładając najwięcej pieniędzy na działanie ECS, chce „mieć prawo do wskazywania wicedy-rektora instytucji (dyrektora wskazuje Miasto Gdańsk). Proponuje również utworzenie w ramach ECS Działu im. Anny Walentynowicz z zespołem ok. 10 osób (przy obecnym zatrudnieniu w ECS na poziomie ponad 60 osób)”. MKiDN wskazuje na konkretne błędy w działaniu ECS zarządzanego przez polsko-niemieckiego menadżera Basila Kerskiego: „ECS nie powinien – i nie może – być wykorzystywany instrumentalnie do bieżących działań polityczno-partyjnych. Nie może wykluczać ludzi Solidarności, takich jak Joanna i Andrzej Gwiazdowie, Krzysztof Wyszkowski, Andrzej Kołodziej czy Andrzej Rozpłochowski”.

W listopadzie 2017 r. legendarny opozycjonista Krzysztof Wyszkowski opuścił demonstracyjnie Kolegium Europejskiego Centrum Solidarności w proteście przeciwko „bezprawnemu grupowemu zawłaszczeniu, praktycznie »sprywatyzowaniu«, instytucji będącej własnością społeczną (finansowanej ze środków Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego i Miasta Gdańska) przez klikę polityczną, publicznie znaną pod potoczną nazwą »układu gdańskiego«”.

Celem MKiDN jest przywrócenie Europejskiego Centrum Solidarności – zgodnie z jego misją – wszystkim spadkobiercom idei Solidarności i włączenie ich w jego działalność – jako współgospodarzy i rzeczywistych współorganizatorów.

W październiku 2018 r. Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego podjęło decyzję o powrocie w 2019 r. do podstawowej kwoty dotacji podmiotowej dla ECS w wysokości 4 mln zł (z 7 mln). Jak uzasadniano, taka kwota jest zapisana w umowie o współprowadzeniu ECS.

W mediach społecznościowych trwa internetowa zbiórka, która ma wesprzeć Europejskie Centrum Solidarności. Celem zbiórki jest również zgromadzenie funduszy na zorganizowanie obchodów rocznicy wyborów 4 czerwca 1989 r. 

Od początku idea ECS spotkała się z zarzutami, że „fałszuje historię, fałszuje Solidarność” (Andrzej Gwiazda). Być może ma to związek z ideą Basila Kerskiego, według którego ECS „ma budować tożsamość narodu, eksperymentować”. Eksperyment na tożsamości narodu. Trudno to nawet skomentować.