Zmiany zakładają, że szef SGWP jest najwyższym pod względem pełnionej funkcji żołnierzem w czynnej służbie wojskowej. Szefowi SGWP podlegają dowódcy generalny i operacyjny rodzajów sił zbrojnych oraz szef Inspektoratu Wsparcia Sił Zbrojnych.

Dowódca Wojsk Obrony Terytorialnej ma podlegać bezpośrednio ministrowi obrony do czasu osiągnięcia przez WOT pełnej gotowości do działania, kiedy także one zostaną podporządkowane szefowi Sztabu.

Zgodnie z nowelą szef Sztabu Generalnego w czasie wojny będzie organem dowodzącym Siłami Zbrojnymi RP do czasu mianowania naczelnego dowódcy i przejęcia przez niego dowodzenia. Do obowiązków szefa SGWP należy także m.in. planowanie strategicznego użycia sił zbrojnych, przygotowanie i wyszkolenie sił zbrojnych na potrzeby obrony państwa oraz udziału w działaniach poza granicami kraju, jak również doradzanie kierownictwu MON.