Podczas Powstania Warszawskiego w krypcie kościoła mieścił się szpital powstańczy. Niemcy zbombardowali świątynię 26 sierpnia 1944 r. Pacjenci szpitala pozostali pod gruzami. 2 września 1944 r. oddziały SS zajmujące Starówkę podpaliły to, co zostało z kościoła i szpitala, a także sąsiadujące ze świątynią pomieszczenia klasztorne. W klasztorze mieścił się sierociniec. Jego personel został rozstrzelany w tamtejszych ogrodach. Przetrwała jedynie garstka dzieci, które przed rozstrzelaniem uratował bezimienny oficer niemiecki.

Po wojnie nie przeprowadzono w tym miejscu ekshumacji. Kryptę z pomordowanymi zalano betonem, a kościół odbudowano w roku 1947. To „Gazeta Polska” jako pierwsza niemal zaapelowała o ekshumację tych ofiar i zainteresowała sprawą prof. Krzysztofa Szwagrzyka. 

Po trzech latach rozmów i ustaleń IPN z właścicielami terenu, czyli ojcami dominikanami, w poniedziałek w ogrodzie klasztornym rozpoczęły się prace pod kierunkiem prof. Krzysztofa Szwagrzyka.

Już pierwszego dnia badań archeolodzy i wolontariusze wykopali figurę księdza z dziećmi pochodzącą zapewne z wypalonego sierocińca. Natrafiono również na resztki niezidentyfikowanych na razie murów sprzed setek lat. Przed archeologami jeszcze wiele pracy.

– Zapewne każdy dzień będzie nam przynosił takie niespodzianki jak ten posąg i te mury. Liczymy jednak na odnalezienie ofiar Powstania. Mamy do przebadania spory obszar

– mówi „Codziennej” prof. Krzysztof Szwagrzyk.