Komisja wszczęła dochodzenie, ponieważ obawia się, że system opodatkowania dawałby niektórym stoczniom przewagę nad konkurentami.

We wrześniu 2016 r. Polska przyjęła ustawę, która umożliwiła stoczniom funkcjonującym w Polsce płatność zryczałtowanego podatku w wysokości 1 proc. od sprzedaży pochodzącej z budowy i przebudowy statków zamiast powszechnie obowiązującego podatku dochodowego od osób prawnych lub od osób fizycznych.

Wariant ten daje stoczniom możliwość zapłaty niższego podatku niż w ramach zwykłego podatku dochodowego od osób prawnych (19 proc. dochodu podlegającego opodatkowaniu) lub od osób fizycznych (18 lub 32 proc. dochodu podlegającego opodatkowaniu w przypadku osób fizycznych oraz 19 proc. w przypadku przedsiębiorców). Ponadto obowiązek zapłaty zryczałtowanego podatku jest wstrzymany do czasu ukończenia budowy lub przebudowy statku.

Jednocześnie Komisja Europejska zatwierdziła program regionalnej pomocy inwestycyjnej ma na celu wspieranie małych i średnich przedsiębiorstw w sektorze stoczniowym w województwie pomorskim oraz zachodniopomorskim. Pomoc zostanie przyznana w formie dotacji, dopłat do oprocentowania i gwarancji. Całkowity budżet wynosi ok. 77 mln zł (ok. 18 mln euro).