Makowski jako jeden z nielicznych wysokich rangą funkcjonariuszy wywiadu PRL został w 1990 r. negatywnie zweryfikowany. Jako szeregowy funkcjonariusz SB, a później szef XI Wydziału I Departamentu prowadził i nadzorował działania wymierzone w opozycję demokratyczną, jednak najważniejszy powód jego negatywnej weryfikacji stanowiła praca w rezydenturze rzymskiej w latach 1988–1990, gdzie posługując się pseudonimem „IRT” prowadził agentów uplasowanych w najbliższym otoczeniu Jana Pawła II. 

Mimo że nie został przyjęty do Urzędu Ochrony Państwa jako funkcjonariusz, dawni koledzy w wywiadu nie pozostawili go samego. Szybko znalazł pracę w biznesie, będąc jednocześnie niejawnym współpracownikiem UOP. Jak to było możliwe? Według samego Makowskiego, miał to zaakceptować Gromosław Czempiński, kierujący najpierw wywiadem UOP, a później całym Urzędem.

Broń dla IRA 

Oficjalnie Aleksander Makowski przez całe lata uchodził za biznesmena, doktora nauk prawnych, zasiadającego m.in. we władzach firmy Konsalnet. Nieoficjalnie uczestniczył w dziwnych operacjach służb specjalnych, na czym zarabiał ogromne pieniądze. Jedna z nich polegała m.in. na współpracy z Leszkiem Cichockim, znajomym Makowskiego z czasów pracy w I Departamencie MSW. Cichocki był prezesem założonej w 1990 r. firmy NAT Import-Export, która zajmowała się materiałami biurowymi. Szybko jednak ten rodzaj działalności przestał satysfakcjonować prezesa Cichockiego i jako jeden z nielicznych w kraju prywatnych przedsiębiorców dostał w 1991 r. zgodę na obrót specjalny, czyli na handel bronią. 

Według byłych funkcjonariuszy Urzędu Ochrony Państwa, to właśnie firma NAT na początku lat 90. miała razem z UOP uczestniczyć w operacji specjalnej polegającej na sprzedaży broni IRA. W sprawę był też zaangażowany Aleksander Makowski, który blisko dwadzieścia lat później w TVN stwierdził, że za akcję dotyczącą irlandzkich terrorystów otrzymał podziękowania „od brytyjskiego wywiadu, ministra Andrzeja Milczanowskiego i premier Wielkiej Brytanii Margaret Thatcher”. Nie powiedział jednak, że uczestnicząc w operacji, zarobił ogromne pieniądze, a całą sprawę zainicjował UOP. Ówczesna prasa opisując akcję, nie pozostawiła na niej suchej nitki. 

Jak donosił brytyjski „Sunday Times”, w sierpniu 1992 r. brytyjscy agenci MI-5 przyjechali do Polski po tym, jak przedstawiciele polskich służb specjalnych przekazali Brytyjczykom, że udało im się dotrzeć do grupy Irlandczyków, którzy byli zainteresowani zakupem broni. Kilka miesięcy później w 1993 r., bez żadnej kontroli, z magazynów UOP załadowano broń na płynący ze Szczecina do Anglii statek „Inowrocław”. Ostatecznie kontener z bronią został zatrzymany w Anglii i nigdy nie dotarł do Belfastu. Mimo że przedstawiciele UOP podawali tylko szczątkowe informacje, „Życie Warszawy” ustaliło, iż firma pośrednicząca w sprzedaży broni IRA posługiwała się telefonem należącym do polskiego MSW, a broń, która miała być sprzedana terrorystom, pochodziła z MSW. Na dodatek wyszło na jaw, że polscy pośrednicy, którzy rzekomo mieli oferować broń terrorystom, to w rzeczywistości polskie służby i ich agenci.